Elle suit la formation de l'école de la Comédie de Saint-Étienne de 1989 à 1991. Au théâtre, elle travaille sous la direction de Gwenael Morin, Christian Schiaretti, Laurent Brethome, Claudia Stavisky, Olivier Rey, Philippe Delaigue, Patrick Le Mauff, Jean-Vincent Lombard, Christian Taponard, Jean Badin, Gérard Desarthe, Stéphane Müh, Pascale Henry, Géraldine Benichou, Laurent Vercelletto, Gilles Chavassieux, Cyril Grosse... Au cinéma, elle joue sous la direction de Philippe Faucon, Emmanuel Bourdieu, Éric Guirado, Philippe Muyl, Gaël Morel, Eric Besnard, Nicolas Bedos, Cécile Telerman et Stéphane Cazes. Parallèlement à son parcours de comédienne, Magali Bonat est professeur d'enseignement artistique depuis 2007, au département théâtre du Conservatoire de Lyon. Depuis mai 2017, elle joue dans une adaptation du Quai de Ouistreham de Florence Aubenas dans une mise en scène de Louise Vignaud.